Hola que tal.
Yo te recomendaria que en vez de "hostear" jquery en tu server utilices un CDN (Content Delivery Network). Existen varias
alternativas, yo en lo personal utilizo
google.
Ahora lo de en donde poner la etiqueta script: Si es en el head, solo incluye los scripts criticos pero ponlos despues de los estilos. Esto asegurará que las css se descargen primero. Si los scripts tardan mucho en cargar y ejecutarse es posible que el navegador se "pasme", es por eso que los scripts que no necesitas al instante la pagina pueden ir al final del body.
Saludos.