La relación de aspecto ancho/alto es la misma en los dos tamaños. ¿Por qué no cambiar las proporciones en el HTML en lugar de en el .fla?
En el código HTML generado puedes cambiar el ancho y el alto a las medidas que quieras. Has de fijarte, porque aparecen más de una vez el ancho y el alto y hay que cambiar las medidas en varios sitios.
Si muestras el flash dentro de un contenedor <div>, puedes declarar en el flash las medidas 100% en ancho y alto. Al cambiar las dimensiones de tu div, se ajustará el tamaño de tu flash.
Parece que obliga a hacer menos transformaciones. Además al querer reducir el tamaño en lugar de aumentarlo, no se distorsionarán las imágenes.