bueno ya lo resolví, lo que hice fue que dentro de la funcion createMarker
puse esto
side_bar_html +='<a href="#" id="'+(gmarkers.length-1)+'" class="marker" >' + name+ '</a><br/>';
$("#side_bar").html(side_bar_html);
$(".marker").click(function(){
var id = $(this).attr('id');
GEvent.trigger(gmarkers[id], "click");
//alert(id);
});
y con eso ya anda, parece ser que llamaba primera a la funcion sin aun haberse creado los enlaces o algo asi..
gracias por tu ayuda.