Si el VPS es administrado por escritorio remoto, imagino que te refieres a que te conectas a el con VNC y el VPS tiene interfaz gráfica (algún escritorio como Gnome, LXDE,Fluxbox, etc) en ese caso tan solo debes abrir una terminal (en el VPS) y teclear allí los comandos CHMOD que necesites, así como si estuvieses frente a una PC con Linux...
Si no conoces CHMOD y su usos tal vez esta
wiki te ayude...
Saludos.