Problemas al crear instalador web aspx

[DProx]

probando un poco cree el instalador como dije anteriormente y observo que al agregar los componentes del sitio web. la ruta aparece c..../misitio etc cosa que asi aparece tambien en el proyecto de visual studio, por q al crearlo la ruta q le di fue en el mismo proyecto donde estan las demas clases.
al instalar sin darle importancia a eso y ejecutar si muesra correctamente el index, que es mi login, no valida en el code behind como que se perdiera las referencias a las capas siguientes. es decir si quiero validar el usuario no lo hace.

probando si intento ejecutar en el navegador c:inetpub/.../wwwroot/misitio/Index.aspx
me muestra un error diciendo que no se encuentra la master, que la ruta inicia con un caracter desconocido, O_o si la ruta es ~/Plantilla/master y si existe.

¿tendra algo que ver el haber creado el sitio web con ruta en el mismo proyecto.?