Soy un bobo, estaba pasando mal la variable.
quedó así y funciona:
Código:
<?php Header("content-type: application/x-javascript");
include ("conexion.php");
$conexion = mysql_connect ($host, $user, $pass);
mysql_select_db ($base, $conexion);
?>
var fadeimages_home=new Array()
<?php
$sql="SELECT * from rotax_fotos order by id desc";
$result = mysql_query($sql, $conexion);
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$foto=$row['foto'];
if ($i=="") {$i="0";} else {$i=$i+1;}
?>
fadeimages_home[<?php echo $i;?>]=["fotos/<?php echo $foto; ?>", "", ""]
<?php
}
?>