A ver te dejo una implementacion(delete incluido) que me funciona bien,
    
Código Javascript
:
Ver original- window.addEvent('domready', function(){ 
-   
-     document.ondragstart = function () { return false; }; //IE drag hack 
-    
-     var max = 3; 
-     var total = 0; 
-      
-     $$('.dragable').each(function(drag) { 
-      
-         new Drag.Move(drag, {  
-             droppables: '#droppable-holder', 
-             onDrop: function(el, droppable) { 
-                 var clone = el.clone(); 
-                 if(droppable && !el.hasClass('locked')) {                    
-                     if(total < max) {                        
-                         var a = new Element('a', { 
-                             text: 'Eliminar', 
-                             href: '#',                               
-                             events: { 
-                                 click: function(e){ 
-                                     e.stop(); 
-                                     clone.destroy(); 
-                                     el.removeClass('locked'); 
-                                     total--; 
-                                 } 
-                             } 
-                         }).inject(clone);                        
-                         clone.inject(droppable); 
-                         el.addClass('locked');                       
-                         total++; 
-                     } else { 
-                         alert('Full List'); 
-                     } 
-                 }  
-                  
-             }, 
-             onEnter: function(el,droppable) { 
-                 droppable.addClass('mo'); 
-             }, 
-             onLeave: function(el,droppable) { 
-                 droppable.removeClass('mo'); 
-             } 
-         }); 
-   
-     }); 
- }); 
Estuve mirando el código que dejaste anteriormente y hay algo que no esta bien en el onEnter y onLeave deberías agregar clases o algo así pero no hacer el inject/remove, el inject depende del onDrop y el remove dependería del botón de eliminar que comentabas en los post anteriores, deberias refactorizar el código antes de seguir.