Muchos formatos no pueden reconocer las propiedades de las mascaras....ahora en photoshop tienes opciones para fusionar las imagenes.....En Layers/Mascaras al final tienes Merge down, merge visible, y flatten image, en algunos casos uso el merge visible, se fusionan las images y las grabo como .PSD..
De ahi paso al formato requerido...
Te dejo algunos pasos y ve las pantalas y demas detalles
http://www.uca.es/FAQ-www/animaGIF.html http://www.gifmania.com/fantasticos/ave_fenix/index.htm http://gifanimados.ya.com