Esto funciona sin problemas:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript">
function t(){
var i=document.createElement('iframe'),ex;
ex=i.onload=function(){
var doc=this.contentWindow.document || this.contentDocument;
doc.onmousedown=function(){alert(123);}
}
if(window.ActiveXObject){
i.onreadystatechange=function(){
if(i.readyState=='complete'){
ex.call(this);
}
}
}
document.body.appendChild(i);
}
onload=t;
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>
Habría que ver si estás asignando los eventos cuando el document del iframe está efectivamente disponible.