Código PHP:
echo $ejemplo[0][1][0];//imprime b
//Ahora lo cambiamos
$ejemplo[0]="uno";
//veremos a ver si imprime otra vez b
echo $ejemplo["uno"][1][0];
//no imprime b por segunda vez
Claro que no lo imprime, porque no estas cambiandole el nombre al KEY, sino sobreescribiendo TODA la matriz. Sobreescribiste TODA una matriz con un simple valor.