Bueno, el problema ya esta resuelto.
Resulta que al compilar una serie de ficheros .java no solo se crean los .class correspondientes con los nombres de los .java, sino que se crean otros que guardan las dependencias entre las clases (o algo así, yo no estoy muy enterado). El caso es que yo no metia esos ficheros en el .jar y por eso no se me ejecutava.
Espero que sirva de ayuda a alguien
, y:
Gracias Kripton