Que lenguaje usar para esto?

[Fw190]

Las librerías para Linux y Windows no son las mismas, en todo caso puede que se llamen igual y tendrán los mismos puntos de entrada. Se trata de que coges los archivos de código fuente de tu proyecto en uno de los sistemas, te los llevas al otro (repito, a nivel de código fuente) y creas un proyecto del mismo tipo que el primero (si está soportado). Es el entorno de desarrollo el que se encargará de compilar y enlazar con las librerías que correspondan, dependiendo del sistema operativo. Es cuestión de ir probando con proyectos similares para uno y otro sistema operativo.