buenas...
de lo poco que recuerdo acerca de las extensiones de chrome, creo que en el archivo manifest.json tienes que indicar en que momento la aplicacion se tiene que ejecutar. la verdad no recuerdo porque hace un tiempo que deje de leer la documentacion. de todos modos, me pregunto si no te seria mas facil utilizar alguna extension existente que te permita personalizar el documento, por ejemplo Personalized Web. de hecho, es el que utilizo actualmente y con el puedes agregar o quitar elementos, aplicar nuevos estilos y script.