Saludos
Existen varias alternativas, muchas de bajo costo, por ejemplo es siempre recomendable mantener al menos una copia de la data fuera del datacenter en donde te alojas,
Puedes contratar un servicio externo de backup como
http://www.bqbackup.com/ (recomendado) es de bajo costo y Scott es excelente con ellos puedes tener algo como una partición remota montada en tu vps y hacer backups ahí
En un VPS es probable que quieras hacer una imagen semanal y backups de la data de tus clientes diarios, de esta forma podrás recrear tu vps en cualquier otro proveedor (util en caso de catástrofe mayor) y a su vez tener la data de al día
Backups son costosos y es parte de los costos de operar una empresa de hosting y como cualquier otro gasto deben estar en tu estructura de costos.