hola Gato, a ver en realidad depende de lo que busques con tu web. Si principalmente lo que quieres estar en las primeras posiciones de Google conseguirlo dependerá de la temática de tu web pero sobre todo de un trabajo constante y dedicado de SEO.
Desde luego una web en HTML se indexa más rápido que una en Flash pero te insisto, hace mucho que Google indexa Flash (me refiero también a textos). ¿HTML o Flash? eso ya depende de tus objetivos.
Respecto al otro tema, simplemente poniendo esta etiqueta en el archivo que no quieras que sea indexado se resuelve:
<meta name="robots" content="noindex">
Por supuesto el resultado lo verás cuando el robot de Google u otros entre a tu página.
Te dejo este enlace:
http://www.google.com/support/webmas...s&answer=93710
saludos