Gracias por las respuestas. He probado 50 maneras y descarto document.write. Al centrarme en el document.getElementById pienso que al cargar los resultados dentro de un div cargaba algo así:
<a rel="slimbox" href="seta.html?id=1">Seta 1</a>
<a rel="slimbox" href="seta.html?id=2">Seta 2</a>
<a rel="slimbox" href="seta.html?id=3">Seta 3</a>
Tantos como resultados encuentra en el array. Si pones estos enlaces directamente en la página funciona y abre el div con el iframe con el efecto deseado pero al cargarlo con document.getElementById lo abre en una nueva ventana (tampoco cogiendo el parámetro name en lugar del id). He pensado que no reconoce la llamada al .js así que he probado con otra versión del efecto lightbox (¿se llama así?) llamada colorbox que se carga desde una función al iniciar el html.
Lo que he hecho es una chapuza, para devolver los resultados uso una función que usa el document.getElementById... y además vuelve a cargar la función de inicio del colorbox y de esta manera funciona aunque tenga que hacerlo dos veces.
De momento funciona, si se os ocurre algo menos aparatoso estaré atento.
Gracias