Las fotos tienen deformaciones específicas simplemente por el hecho de pasar de un mundo 3D a uno 2D.
En los nuevos Photoshops debes de tener herramientas para corregir y ensamblar esto. Yo no los uso, así que no sé cómo funcionen.
Una cosa que pdrías revisar es si quieres una proyección panorámica simplemente o una esférica, que tiene una mayor deformación.
Si le dás al inglés, a ver si te sirve esto:
http://www.otake.com.mx/Apuntes/Imagen/EnviromentMaps/
Si los ángulos no coinciden, aún usando el software correcto puede ser que hubo un error en la toma, en el eje de rotación.