Sería algo así, pero deberías añadir casos concretos para los primeros botones de cada fila y cada columna para no acceder a posiciones inexistentes.
En tu código, al poner la propiedad Left estabas utilizando el Width de tu botón, cuando hay que utilizar el del botón anterior (por si los botones no fueran iguales)
Código:
Private Sub cmdCrear_Click()
Dim i As Integer
Dim j As Integer
Dim index As Integer
For j = 0 To filas - 1
For i = 1 To columnas
index = j*columnas + i
Load Command1(index)
Command1(index).Left = Command1(index-1).Left + Command1(index-1).Width
Command1(index).Top = Command1(index-(j*columnas)).Top + Command1(index-(j*colunas)).Height
Command1(index).Visible = True
Next i
Next j
End Sub