Quita el for, pero deja el código que hay dentro. Elimina la variable contador.
En get_JCheck1() añade un parametro entero que indica que JCheckBox quieres (el 0 o el 1)
Código:
public JCheckBox get_JCheck1(int indice)
{
if(checkbox1==null)
{
checkbox1=new JCheckBox[2];
checkbox1[0]=new JCheckBox("Ingresar");
checkbox1[1]=new JCheckBox("Actualizar");
checkbox1[0].setBounds(10,10,150,30);
checkbox1[1].setBounds(10,10,100,30);
}
}
return checkbox1[indice];
}
en la parte del panel haz dos llamadas a add() llamando a este metodo con 0 y con 1 en el parametro.
add(get_Jcheck1(0));
add(get_Jcheck1(1));
Se bueno.