Hola Ernesto.
Está bien el uso que haces de las comillas, por lo que me extraña el error que te aparece. Te pido que hagas una prueba de reescribirlo del siguiente modo a ver si podemos aislar el error:
Código PHP:
var codigo = '';
codigo += '<tr><td>';
codigo += theref;
codigo += '</td><td>';
codigo += theitem;
codigo += '</td><td align=right>';
codigo += thequantity;
codigo += '</td><td align=right>';
codigo += theprice;
codigo += '</td><td align=right>';
codigo += alterError(itemtotal);
codigo += '</td><td align=center><input TYPE="button" NAME="remove" VALUE="Quitar" onclick="javascript:removeItem(';
codigo += itemlist;
codigo += ')"></td></tr>';
document.writeln(codigo);
De este modo podríamos saber en cual de las líneas ocurre el error.
Saludos.