Encontré la solución siii.
En esta pagina esta mas explicado.
http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=PhpMyAdmin
En cierto modo lo que tienen que hacer a penas terminen de instalar el myadmin es:
Y para que ya lo salga la linea amarilla de que faltan las cookies, abren
sudo nano etc/phpmyadmin/config.inc.php 
En mi caso solo tuve que cambiarle la parte de upload y download.
Lo guardan, y reinician apache con este comando.
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Y ya debería estar funcionando correctamente.
Saludos.