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[Fuzzylog]

Pues no estoy muy seguro pero igual con la clase Scanner. Tendrías que tenerlo "escuchando" la consola de salida de datos de php y cuando se vuelque una linea concreta que detecte que es xml hasta otra que detecte que definitivamente no es xml te recoja los datos que estás haciendo.

De todos modos, si la aplicación de java va a estar corriendo a la vez que la de php, ¿No podrías hacer que le envíe los datos directamente mediante una conexión tipo socket o algo así?.