Buenas,
Comparto una función que adapté hace ya unos meses de otra que encontré googleando y que ejecuta el código JS dentro de etiquetas script (incluido si en uno de los parámetros va indicada el src).
Indicando simplemente el elemento (en tu caso el div de respuesta del AJAX), se debería ejecutar el JS sin problemas.
Código PHP:
function executeJS (element) {
var elems = document.getElementById(element).getElementsByTagName('script');
for(i=0;i<elems.length;i++) {
var elem = elems[i];
newScript = document.createElement('script');
newScript.text = unescape(elem.innerHTML);
newScript.type = 'text/javascript';
if ((elem.src != null) && (elem.src.length > 0))
newScript.src = elem.src;
elem.parentNode.replaceChild(newScript,elem);
}
}
Espero que te sirva :)