Hola Mosiah!!!
Supongo que para ejecutar el .jar haras:
y que el manifest dentro del jar lo metes dentro de una carpeta meta-inf y tiene una pinta simiar a este:
Código:
Manifest-Version: 2.0
Main-Class: org.argouml.application.Main
Class-Path: xerces.jar jaxp.jar crimson.jar parser.jar xml4j.jar nsuml.jar ocl-argo.jar gef-0.9.6.jar antlrall.jar log4j.jar jh.jar
Created-By: 1.2 (Sun Microsystems Inc.)
Name: org/argouml/application/
Specification-Title: ArgoUML
Specification-Version: 0.12
Specification-Vendor: University of California
Implementation-Vendor: University of California
Implementation-Version: 0.12
Implementation-Title: ArgoUML
Recuerda poner los paquetes en el Main-Class
Bueno, que si aun así no te aclaras, estaría bien que posteases tu manifest para poder ayudarte mejor

.
Suerte,
un saludo,
kripton