El codeigniter tiene helpers, que son aplicaciones ya creadas para ahorrarte trabajo (carpeta helpers).
Las vistas, controladores y modelos por defecto están en las carpetas views/ , controllers/ y models/.
Un ejemplo básico de como funcionaría el codeigniter sería:
Abres la url:
www.ejemplo.com/hola
El codeigniter carga el controlador "hola", carga las vistas y modelos de ese controlador y los muestra por pantalla.
Es muy sencillo, si quieres mas información en la web oficial de codeigniter hay una guia buenísima (en inglés)