Hola. Si necesitas guardar la fecha actual en formato de MySQL no hace falta que emplees PHP.
Basta con echarle un vistazo a la función
NOW de MySQL cuando vayas a hacer el INSERT
De hecho, en ese listado tienes muchas funciones directas de MySQL para trabajar con fechas y tiempos e incluso crearlas a partir de tus variables $dia, $mes y $año