No es "una extraña razón" sino la forma en la que python busca los módulos que se le pide importar (primero prueba si hay alguno en la carpeta actual)
De casualidad no le habrás cambiado el nombre a tu archivo y
además a la carpeta, ¿verdad? No hay necesidad de tocar nada de lo que está en /usr/lib/python2.6
No sé, ciertamente parece un conflicto de nombres. Además, si funciona desde la consola de Python quiere decir que no es un error de smtplib.
¿hay alguna otra cosa (archivo, carpeta) que se llame "email"?
Yo probaría ver las diferencias entre ejecutar este bloque de código en la consola de Python y en la carpeta que te da problemas:
Código Python:
Ver originalimport sys
print sys.path
import smtplib
Saludos.