Ok, si dentro del código javascript tienes valores que deberían ser tomados de php si, necesitas el eval para que dichas variables tomen sus valores dentro de php, no obstante y sin conocer a fondo la aplicación que estás manejado me parece demasiado rebuscado y que debería tener otra solución.
Aún así la solución inmediata es que al ser código javascript con variables php hagas un echo, es decir algo como esto:
Código PHP:
Ver original$codigojs=$this->fetch_templates($templat);
eval("echo \"$codigojs\"; ");