Crear un arrgelo sin saber longitud

[eits]

primero debes de entender que el php es ejecutado en el servidor y por cada solicitud que hagas la pagina es procesada y convertida a html(que al final devuelve al navegador para que este lo interprete), variables, arreglos y demas son eliminados al terminar de procesar la página, para lograr mantener los datos puedes echar mano de las sessiones, de las cookies o de una BD, por otro lado el javascript no puede asignar directamente un valor a una variable php, ya que como te dije antes le php se ejecuta en el servidor y el javascript es ejecutado en el equipo del cliente, te doy una idea simple

Código Javascript:

function llena_arreglo(){ 
var x = getElementById('datos').value;
if( x == '' ){ 
    alert ("Debe ingresar UN VALOR PARA EL CONJUNTO."); 
} 
    getElementById('array').value=getElementById('array').value + '_' +x;
}
 

Código HTML:

<form name="f_buscar" method="post" action="otrapagina.php">
<label>Conjunto</label><input type="text" id="datos" />
<input name="array" type="hidden" id="array" />
<input type="button" name="agregar" onclick="llena_arreglo()" value="Agregar" />
</form>
 

y en otrapágina.php usas un explote a $_POST['array'] y tendrás tu arreglo, tiene alguno detallitos por ser ejemplo pero no es nada que tu no puedas arreglar, saludos.