Yo me planteria primero si puedo pasar del execel y que los datos se carguen directamente a la bbdd. O que genere un fichero de texto leible des del web... o leer directamente el excel....Si no es así no veo otra forma que generar una tarea programada del SO que haga lo que has hecho manualmente cada 5 minutos.
No se si estas usando php
Abrir y leer archivos Excel con PHP
si usas .asp o .net son de la familia de Ms portanto no debe ser dificil....