eval problematico

[ocp001a]

Pero es que no haz aclarado cómo estás usando o cómo quieres manejar el javascript.
Pero una cosa es segura, eval de php no hará nada con una expresión en lenguaje javascript, y bueno, finalmente a tu última pregunta, eval en php ejecutará codigo php correctamente formado, pero si ese codigo contiene comillas o signos de moneda, éstos habrá que "escaparlas", esto lo puedes hacer simplemente con addslashes.