Sin ser jurista, te doy mi interpretación del asunto:
Parece ser que la interpretación de la Agencia Tributaria, en el caso de separaciones matrimoniales, es la de asimilar el concepto de "convivencia" que da derecho a la deducción, con el de "guarda y custodia", de tal forma que quien tenga ésta última, no necesita demostrar que el descendiente convive con él, pues aparentemente se presupone que concurre esta circunstancia. Es decir, se presupone, sin necesidad de demostrarlo, que la deducción es del 100% de tu exmujer.
No obstante, no he localizado ninguna referencia en la ley ni en el reglamento del IRF, donde se asimilen esos términos, pues simplemente se habla de convivencia, sin asociar que el descendiente convive con quien mantiene la guarda y custodia.
Supongo que recae sobre tí la carga de la prueba, de tal forma que deberías demostrar que tu hijo ha convivido contigo durante esos meses (cosa difícil, pues tu mujer seguramente se ha practicado la deducción al 100%).
Te paso 2 enlaces que pueden ser de tu interés:
El final de la página 1 y el comienzo de la página 2:
http://www.padresdivorciados.es/wp-c...f-divorcio.pdf
La página 394 (ojo, que son 15 Mb):
http://www.agenciatributaria.es/AEAT...lRenta2009.pdf
Saludos y suerte.