Desconozco si en Red Hat se puede instalar sin formatear, pero no deberias de tener mayor problema.
Viene a ser lo mismo que reinstalar win sobre si mismo, es decir, le indicas al programa donde quieres que te instale el / y /home pero sin formatear, te escribira los ficheros que faltan y listo.
Al menos en Debian y en mandrake se puede sin problema
NOTA: seguramente eso te ha pasado por un mal uso del comando rm o rm -Rf has de tener cuidado y leer los man, man rm
Saludos