a que te refieres por datos binarios?, vas introducir 0 y 1?. o lo que quieres es simplemente guardar los datos en forma binaria. si es el el segundo caso, no importa como lo leas, si no como lo guardes, asi que una vez que terminaste de leer los datos, simplemente guardas los datos de forma normal.
aqui tienes una pagina con mas información
http://www.delorie.com/gnu/docs/glibc/libc_238.html