Veo que haces mucho relajo para hacer esto seria algo mas facil asi
Código PHP:
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// consultas
$query = "select count(NUM_CED_EGR) as total from egresado";
$query2="select count(COD_PRO) as programas from programa";
if ($row["total"] == 0) {
///pasa algo
}else{
///pasa algo
}
if ($row["programas"] == 0) {
///pasa algo
}else{
///pasa algo
}
asi de facil..
Saludos,