En el siguiente link:
http://framework.zend.com/manual/en/...er.action.html puedes ver como Zend hace el render de las vistas, al parecer Zend Tool no usa el mismo inflector y por eso crea el archivo de la misma forma.
Igual podrías crear un bug o un improvement para usar el mismo Inflector y que resuelva los nombres de la misma forma.
Saludos.