El problema estaba en que la funcion:
Código PHP:
$thumb = imagecreate($new_width,$new_height);
Creaba una imagen de baja calidad, o eso es lo que creo, por lo tanto la imagen final resultaba de baja calidad.
A continuacion dejo el codigo que me ha kedado por si a alguien le interesa:
Código PHP:
Header("Content-type: image/png");
$image = ImageCreateFromJPEG($file);
$width = imagesx($image) ;
$height = imagesy($image) ;
$new_width = 120;
$new_height = 90;
$thumb = ImageCreateFromPng("thumb.png");
imagecopyresized($thumb,$image,0,0,0,0,$new_width,$new_height,$width,$height);
ImagePNG($thumb);
imagedestroy($image);
Lo converti en formato PNG como me dijo Cluster.
Gracias