Estos problemas casi siempre se deben a:
* Tener scripts con alguna vulnerabilidad de seguridad que el hacker aprovecha. La solución es tener actualizado todo a la última versión, sin olvidar módulos/plugins, etc.
* Haber tenido algún virus en el PC que te haya robado los datos de acceso FTP, o que él mismo se conecte por FTP y cambie ficheros. Hay un virus muy famoso que hace precisamente esto:
es.wikipedia.org/wiki/Gumblar
La solución en este caso es pasar un antivirus a los PCs desde los que se acceda por FTP al servidor y cambiar la contraseña de acceso FTP. Un antivirus que recomiendo es AVG:
http://free.avg.com/es-es/download-a...s-free-edition
Es bueno y gratuito.