mikil ...
Tienes UN GIGANTESCO problema con entender que es PHP y donde actua con lo que es Javascript Y donde actua ..
Repasa tutoriales, manuales .. pero todo eso q estas haciendo NO ES POSIBLE ..
Suponiedo que tienes un script aparte o parte de código que bajo alguna variable de control le indiques que acción vas hacer. La confirmación javascript SOLO pasa por colocar un CONFIRM() que deje o no continuar con la ejecución del link que has "clikeado" o no ..
Código PHP:
<script lagnuaje="javascript">
function confirmar(){
return confirm("confirmar borrado?");
}
</script>
<a href="borra_nose_que.php" onClick="return confirmar();">Borrar</a>
Si aceptas el CONFIRM() de javacript .. se continua el proceso y llamas a borrar_nose_que.php desde ese link .. SI no aceptas el alert() .. se queda ahí el cliente sin enviar dicha petición .. He de ahí que se usa para capturar dicho evento la función de JAVASRIP onClick .. Y ese "return" es lo que hace posible todo .. Más explicación en el foro Javascript.
Un saludo,