En mi caso no se inclina la balanza hacia una opción, cada uno tiene sus pros y contras.
Code Igniter es ideal para la persona que inicia en el aprendizaje del manejo de Frameworks, y le ayuda a adentrase un poco en los conceptos de la programación orientada a objetos.
Zend es sumamente robusto, cuenta con un amplio catálogo de componentes, y es totálmente OO.
Yo empecé con Code Igniter pero actualmente estoy utilizando
Yii, lo que me gusta es que se lleva muy bien con netBeans, y tiene muchas maravillas incluidas: ORM, Integración con PHPUnit y Selenium, Consola de Comandos, totalmente OO, velocidad, etc...
Así que cada quien utilice el framework que le sea conveniente.
Un saludote ! 