Hay algo mal en tu proyecto o no te estas explicando bien
Fenris, porque funciona de las dos formas, como te comente en el post anterior(lo que estas mostrando ahora) y con un php o html en public.
Cita: la inicializacion de db adapter la hago agregando un metodo en la clase bootstrap llamado _initDatabase() o no?
no es necesario inicializar en el bootstrap podes configurar el resource db en el application.ini, a menos que quieras guardar a db en el Registry general de la aplicación, db al igual que todos los resources se guarda en un Registry interno del FrontController al cual podes acceder desde cualquier parte de la aplicación.
Saludos.