Oye la verdad es muy interesante que estes a punto de realizar un chat y pues si te sirve de algo mi opinion del uno contra el otro, pues aqui va:
Le ventaja de que realices una aplicacion como el msn messenger, es que el mas expandible y puede ser mas robusto, pero todo dependiendo del alcance que quieres para tu proyecto.
El principal problema que le veo con hacer el chat de esta forma, digamos con C#, es que cada vez que realices una modificación a el chat, tendras que segurarte de distribuirlo o intalarselo a todos los usuarios de tu Intranet que hagan uso de él, y digo segurarte que intalen la versión mas nueva, ya que luego te andan reportando errores que pues tu ya solucionaste.
Respecto a un web chat mi ponto de vista y en base a que yo principalmente soy desarrollador de Internet
, es que te recominedo este en el aspecto de que es mas ligero, puede quedarte muy bonito y si llegas ausar flash no tendras muchos problemas ya que el Flash puede llehar a serte de mucha ayuda, ya que yo realice uno con Flash, aunque el mio es un Call Center.
Otra grandisima ventaja y por la que yo prefiero web sobre aplicacion de escritorio es que si algo anda mal con la aplicación, solo realizo una modificacion en la aplicación servidor y ya todo queda resuelto.
Sin embargo como te dije al principio yo desidiria si web chat o aplicacion de escritorio en base al alcance que quieres para tu proyecto, por ejemplo si quieres tranferencia de archivos y esas cosas.
Bueno espero haberte sido de ayuda y despues nos dices como decidiste desarrollarlo.