Tienes que usar dos cosas un {if} y la variables especial {$smarty} para acceder al número del loop de la sección.
$smarty.section.nombre.index te da el número de ciclo actual.
$smarty.secion.cloop.total te da el total de iteracciones.
{section name = c loop = $n}
if $smarty.section.cloop.index >= ($smarty.secion.cloop.total - 2)}
<tr bgcolor="{color diferente}">
{else}
<tr bgcolor="{cycle values="#3E4144,"}">
{/if}
<td width="100%" scope="col">
<div align="left">{$n[c]} </div></td>
</tr>
{/section}
La función {if}
http://www.smarty.net/docsv2/es/language.function.if.tpl
La variables reservada $smarty usada en {section}
http://www.smarty.net/docsv2/es/language.function.section.tpl