Te recomiendo que leas este articulo de la Web de Drupal:
http://drupal.org/node/51220
En resumen:
El fichero .install aplica los hooks install y update (no se si algo mas, pero yo solo se de esos dos).
El primer hook solo se aplica la primera vez que se instala el modulo, para instalar (valga la redundancia) cosas adicionales.
El hook update se aplica a la hora de hacer un update al modulo , es decir, por ejemplo, a instalar una version mas actual, que introduzca cambios, o parches de seguridad.
Saludos.