Hola!
Bueno, para evitar que indexe 2 veces la misma hoja (sobre todo para evitar el contenido duplicado) se inventaron por ai el tag canonical, aquí hay un link
http://ksom.es/seo/nuevo-meta-tag-canonical/
Con ese tag asignas cual es la url que deseas indexar para x página no importando lo que diga en la barra de direcciones.
Espero q te sirva
Un saludo!
PD: No esperes que las búsquedas de tipo domain.com/?x=y desaparezcan de la noche a la mañana, tardará algún tiempo en desaparecer de los resultados de búsqueda.