1.- No es así de facil .. mejor sigue la guía de instalación de Apache+PHP+Mysql .. de:
http://www.mundodivx.com/php/php.html
(si ya tienes Apache o Mysql .. omite ese paso ..)
2.- En windows98 no existen los permisos de lectura/escritura (bueno si, mentiria.. pero por defecto a un directorio nuevo puedes escribir/leer como quieras sin tocar nada. Esos detalles de permisos de un directorio lo puedes ver en tu "propiedades" de tu directorio/archivo.)
Un saludo,