Bueno pues ya estoy en ello, por si alguien tiene que instalar java en gentoo, es muy facil.
Se baja el paquete :
j2sdk-1_4_1_02-linux-i586.bin
de la web de SUN:
http://java.sun.com/j2se/1.4.1/download.html
(ojo elegir, "Linux self-extracting file" package format of the SDK)
Una vez que temos el paquete lo movemos a /usr/portage/distfiles y una vez alli, no hay más que instalar el programa como sigue:
#emerge sun-jdk
Y listo, ya tenemos JAVA
Saludos