Hola blesther.
No he usado Ajax con ZF, pero en otros frameworks, lo que se puede hacer es al hacer la petición, decirle al controlador que es asíncrona (o que el controlador lo verifique del request) y desde el action correspondiente formatear la salida a JSON/XML/lo que quieras, desactivar el layout y no renderizar la vista.
Supongo que Zend tendrá helpers o algo similar que ayuden en la tarea.
Saludos
PD: Ejemplo:
http://my.opera.com/zomg/blog/2007/1...zend-framework