Las consultas se hacen normales, lo diferente es que ya no dibujas las tablas html que comunmente se hacen, ahora te toca dibujar celdas, ejemplo:
Código PHP:
$consulta = mysql_query("SELECT * FROM tb_ejemplo");
while($resultado = mysql_fetch_array($consulta)){
$pdf->Cell(50,5,$resultado['campo1'],1,0,'C');
$pdf->Cell(50,5,$resultado['campo2'],1,0,'C');
$pdf->Cell(50,5,$resultado['campo3'],1,0,'C');
}
De esa manera dibujas celdas e imprimes los resultados de la consulta, obiamente antes debes instanciar la clase fpdf que para el ejemplo que te puse se guarda en el objeto $pdf.
Prueba y me cuentas.