Ok, cuando el usuario entra al sitio?
Podria ser:
1- En tu tabla de usuarios tener un campo de fecha que te sirva para saber cuando se envio la ultima alerta.
2- Cuando el usuario entra a la pagina, ver si hay pagos pendientes de realizar.
2.1 - Si hay pagos pendientes, entonces comparar la fecha actual con la de ultima alerta.
2.2 - Si ya pasaron 24 horas o mas, entonces enviar la alerta con algo como:
Código HTML:
Ver original<script type="text/javascript"> alert('Hey, tienes pagos pendientes!!!');
// Si crees conveniente, rediriges a la pagina de pagos
top.location = 'http://pagina-del-pago.com';
2.3 - Actualizas el campo de alertas del usuario con la fecha actual
3- En alguna parte de tus paginas podrias mostrar tambien (sin alertas) un resumen de los pagos que el usuario tiene pendientes.
Si eso es lo que necesitas, solo adaptalo... si no.. pues explica un poco mas y tambien trata de adaptarlo a tus necesidades y hacer el codigo correspondiente.